好莱坞的内部人士更好奇的是她跟整形外科医生尼尔·伊拉塔奇的友情。妮可在拍《红磨坊》时撕裂了膝盖的肌腱，生意兴隆。
妮可怀的是谁的孩子，专门给运动员和名人看病，弗莱文的姐é。伊拉塔奇娶了女演员特里西娅ๅ·弗莱文é，对这个问题的争论很快就不了了之，3๑月16日。好莱坞沸沸扬扬地传说，伊拉塔奇对妮可太亲热了。闲话传到了上了年纪的西尔维斯ั特·史泰龙的耳朵里，他很担心报复心强的汤姆·克鲁斯会把自己作为靶子，毁掉自己勉强还在延续的事业。伊拉塔奇大夫，2ooo年5๓月份开始在这里。后来，她被紧ู急送到加州大学洛杉矶分校的艾里斯?堪特妇女健康中心：她出现了大出血和剧烈的腹痛，医生对她说。类似她1o年，她已经怀孕近3๑个月，但是流了产；在妮，原来，胎儿几个ฐ星期前就死了。妮可给汤姆打电话，告诉了他这个消息；打电话时，忠实的司机戴夫·加里斯在旁边守候着。汤姆送了鲜ຒ花，但是没有去医院看望她。
虽然离婚还要涉及两ä个孩子，但汤姆拒不考虑接受婚姻指导或者心理咨询——他和咪咪在结束短暂的婚姻时，都接受过科学教的调解。媒体宣布了他们的离婚消息后过了两ä天，汤姆正式向加利ำ福尼亚高等法院提交了离婚申请，理由是“不可调和的差异”，说“我认为专业咨询、心理辅导、时间的推移以及其他一切因素，都不可能改变我们婚姻的解体。”在公开场合，他对离婚的缘由守口如瓶。“妮可知道为什么。”他只说这么一句。他的恼恨态度让人想起中学生的吵闹分手，而不是维系了1o年的体面婚姻的终结。
当“震惊骑师”霍华德·斯特恩（hoardstern）宣布，汤姆雇了臭名远扬的私人侦探托尼·佩利卡诺（Tຄonype11io，人称“名人的刺客”）来调查妮可的行踪时，情况变得更糟了。而汤姆的言人却大言不惭地坚称，两ä个人的“分手是友好的”。妮可捂着受伤的膝盖，面对狼狈的事业前景，她的心碎了；这时候她才现，她怀了丈夫的孩子。她回想起几个月前的情形，心里想：“怎么会到了这步田地？”
汤姆想平息妻子的怒气，他好言相劝道：“我想你。我爱你。我一整天都在想你。你是个傻瓜，傻瓜才会以为ฦ我不在乎你，我不爱你。我很抱歉，昨天晚上我太累了。我道歉，好吗？”像许多吵了架的夫妻一样，谈话最后，两个ฐ人终于笑了，互相说了“我爱你”，然后挂断了电话。可是，他们不像一般的夫妻，他们得向爱听八卦的外界对这次口角做出解释。他们的言人帕特·金斯ั利布了一条声明，说这段录音是被人做了手脚、断章取义的，把他们的正常谈话变成了争吵。有人问妮可吵架是怎么回事，她很聪明地说，那是小事一桩。“我们争吵该请多少人参加儿子的生日晚会，”她说，“争论我们两个ฐ人谁更累、谁工作更辛苦。实际上是很无聊的。”
如果说普通的名人科学教徒不得不在信仰和婚姻ี之间做出选择的话，那么，像汤姆·克鲁斯这样的活广告找到เ一位像他一样虔信科学教的配偶，就越重要了。乍看起来，佩内洛普·克鲁兹在马德里的一个贫穷的家庭长大（一家人虔诚信仰天主教），她不符合这个条件。的确，佩内洛普在9o年代拜会并采访过加尔各答的特蕾莎修女，特蕾莎修女扶助无家可归者的努力让她深受启，于是她建立了自己的慈善基金“萨贝拉基金会”，以帮助印度的肺结核患者。
同时，佩内洛普对其他宗教信仰也持开放态度。她和墨西哥歌手尼可·卡诺（naທo）谈了6年恋爱，这期间她接触了佛教。2ooo年她见到汤姆之前，她描述过自己对信仰的态度：“我是作为天主教徒抚养长大的，但我有自己信仰上帝ຓ的方式，有自己的祈่祷方式，我尊重多种多样的人生哲学。我觉得自己最接近的哲学和宗教是佛教。”
精神自由的佩内洛普女士也许喜欢多种宗教。科学教喜欢自称“应用宗教”，自称可以与其他宗教信仰和平共处，但这是错误的。汤姆和克鲁兹恋爱初期，他悄悄地带她去了自己时常出没的地方，即好莱坞的“名人中心”。他带她参观了整幢大楼，最后送给她几本印刷็精美的手册和L·罗恩·哈伯德的著作。没过多久，她就开始整天待在“名人中心”，据说一天要待7个小时，全神贯注地上科学教的基本课程。
很快，曾经把妮可淹没的红玫瑰和爱情便条，开始出现在佩内洛普眼前。不过，佩内洛普倒更喜欢他体贴入微的、似乎乎本能的举ะ动，而不是奢侈的珠宝礼物。“佩内洛普是个不把礼物看得太重的人，”汤姆后来说，“她不是特别喜欢珠宝或者值钱的礼ึ物。她喜欢自己外出时看到เ几条留言、收到一封信、接到一个ฐ电话什么的。”